За час роботи в уряді Віктор Ющенко, за даними соціологічних опитувань, стає найпопулярнішим політиком України, не в останню чергу завдяки образу морального та проукраїнського державного діяча, який закріпився за ним [Джерело?].
Разом з тим, лідерські якості Віктора Ющенка, його неоднозначна або недостатньо артикульована позиція по деяких питаннях, схильність до м'якої політичної гри неодноразово піддавалися критиці як з боку опонентів, так і з боку прихильників.
Низка політичних інтриг, яка розгорнулась навколо Кабінету Міністрів, Національного банку та персони Президента Леоніда Кучми призвела до відставки уряду Ющенка в травні 2001 року — вперше за резолюцією недовіри Верховної Ради України.
Вже тоді Ющенко не приховував своїх намірів піти в опозицію, де біля нього швидко згуртувались національні та правоцентристські політичні сили, які, сформувавши блок партій «Наша Україна» здобули переконливу перемогу на виборах у Верховну Раду за партійними списками, хоча представництво «Нашої України» в органах Верховної Ради було обмежено політичними опонентами Ющенка.
2004 рік, президентська кампанія
У 2004 році Ющенко бере участь у Президентських виборах і йде на них самовисуванцем.
Весь період президентської кампанії характеризується надзвичайно жорстким пресингом[Джерело?] на Ющенка з боку змобілізованого владою адміністративного ресурсу. Це було підкріплено брутальними політтехнологічними розробками переважно іноземних спеціалістів, які ставили на меті формування негативної суспільної думки про Ющенка та загравали з російськомовним електоратом, спекулюючи на проблемах російської мови та деяких історичних обставинах, перекручували біографічні відомості про Ющенка та його родину, компрометували очолювану ним політичну силу.[Джерело?] Це стало можливим не в останню чергу завдяки підконтрольності владним структурам ключових засобів масової інформації, журналістські колективи яких вимушені були виконувати політичні замовлення. Тому основна стратегія передвиборної кампанії Ющенка в першому турі передбачала безпосереднє спілкування з виборцями, для чого було здійснено масштабний передвиборний тур областями України.
У розпал передвиборної кампанії сталося отруєння Ющенка. Як стверджувалося потім, у отруєнні було застосовано один з різновидів діоксинів, TCDD, який входить до складу деяких бойових[Джерело?] отрут. Довготривалим наслідком отруєння стало спотворене обличчя. Деякі токсикологи називають такі зміни типовими для отруєння діоксинами, зокрема шкірні аномалії на обличчі Ющенка схожі на хлоракне, яке виникає саме при отруєнні цими токсинами. Деякі політичні експерти, в свою чергу, вважають, що саме спотворення обличчя Віктора Ющенка, а не його смерть, було метою зловмисників.
Британці зняли документальний фільм про отруєння українського президента Віктора Ющенка «Ющенко: недосконале вбивство»
Проте розслідування отруєння правоохоронними органами не дало жодного результату, навіть після обрання Віктора Ющенка президентом.
За результатами першого туру голосування Ющенко набрав 39,90 % проти 39,26 % у свого головного опонента, кандидата від провладних сил Віктора Януковича. Цей тур голосування, за твердженнями низки вітчизняних та міжнародних організацій, зокрема Комітету виборців України, ОБСЄ, відбувався зі значними порушеннями виборчих прав громадян.
Після першого туру Віктором Ющенком було укладено низку політичних угод про підтримку його кандидатури важливими політичними силами, зокрема Соціалістичною партією Олександра Мороза та Анатолієм Кінахом, які також балотувались у першому турі. До початку кампанії аналогічну угоду було укладено з Юлією Тимошенко
Другий тур голосування 21 листопада 2004 року, за твердженням переважної більшості міжнародних організацій, пройшов з брутальними порушеннями виборчого законодавства та прав людини, з застосуванням технологій загальнодержавного фальшування результатів голосування, в тому числі і з втручанням в електронну систему підрахунку голосів у Центральній виборчий комісії. Ці факти були доведені у Верховному Суді України у історичному судовому процесі «Віктор Ющенко проти Центральної виборчої комісії», в результаті якого було призначене повторне голосування 26 грудня 2004 року.
Ющенко зі своїми прихильниками під час мітингу на Європейській площі у Києві (2007)
Зазначені події розгорталися на фоні безпрецедентних протестних акцій українського народу проти фальсифікації виборів, які отримали назву Помаранчевої революції та мали ключовий вплив на політичну ситуацію між другим туром та повторним другим туром голосування. На чолі цього руху став Віктор Ющенко, який зумів здійснити унікальну безкровну трансформацію політичної та національної атмосфери в Україні. Ключову роль у цих подіях відіграла його політична соратниця по коаліції «Сила Народу» Юлія Тимошенко. Водночас у ряді східних та південних регіонів України, як наслідок передвиборчих інформаційних війн та політичних інтриг, а також зрозумілого небажання виборців Віктора Януковича миритися з призначенням переголосування, набули поширення сепаратистські настрої. У ці дні країна опинилася на межі повномасштабної політичної та економічної кризи, і лише завдяки обережним та конструктивним діям основних політичних гравців, зокрема голови Верховної Ради Володимира Литвина, а також міжнародних посередників Хав'єра Солани, Валдаса Адамкуса, голови ОБСЄ Яна Кубіша та Олександра Кваснєвського, змогла швидко вийти з критичного стану.
У ре